很多人認為每一個新的科學發展都會對宗教作出無情的打擊，如哥白尼的日心說和達爾文的進化論等等，然而當代的科學發展卻似乎與這「公式」背道而馳，這甚至受到傳媒注意，如1998年7月27日的《新聞周刊》的封面主題就是「科學找到上帝」。
新物理學與創造主
牛頓力學衍生的機械世界觀好像沒有為神的工作及人的自由留下空間，然而相對論的來臨打破了這種世界觀，而量子力學和當代的混沌理論則使我們開始質疑決定論。另一重大發展是大爆炸理論成為宇宙論家的共識，這表示物質宇宙並非是永恆的，並指向基督教的創造論。克雷格(William Craig) 在當代復甦了宇宙起始論証(kalm cosmological argument)，強調凡有起始的事物都有因，所以若宇宙不是永恆的，就可推論出一超越的因的存在──創造主的假設是最合理不過了。
難怪太空總署的天文學家查斯曹（Robert
Jastrow）有這一句話：「對那些一直信奉理性的能力的科學家來說，故事的終結像一個噩夢。他一路攀登無知的山嶺，要征服那最高的山峰；當他正跨過最後一塊石之際，卻見到一群神學家向他打招呼，而他們已坐在那裡有多個世紀之久。」
無神論者(如Quentin Smith)主要的回應策略是說宇宙可無緣無故地爆出來，但近代宇宙學也發現，整個宇宙的爆炸和基本設計好像是經過精微的調校，為了生命能夠出現，這現象叫「宇宙的微調」(Fine-tuning of the Universe)或「人類原則」(Anthropic
Principle)，這也指向宇宙設計師的可能性。結合兩種新發展，使我們質疑，去相信這樣偉大和精密的宇宙可從絕對虛無中爆出來，有多合理呢？有神論的解釋似乎也不可排除，無論如何，當代天文物理的發展的確使宗教的課題重新放在議程上。
生命的奇妙與新設計論證
進化與創造之爭一直是科學與宗教的對話中爭持得最激烈的課題。在80年代的美國，雙方甚至對簿公堂，雖然提倡在學校教授創造論的努力失敗了，但不少人開始重新檢視進化論。到90年代中期，「智慧設計運動」(intelligent design movement)
的興起，引發了新一回合的進化與創造之爭。
智慧設計運動的先驅Phillip
Johnson是加州大學柏克萊分校的法律學教授，分析和破拆論證可說是他的專業，他在1991年出版的《審判達爾文》轟動一時。書中清晰地分析進化論者的論證，並逐一指出其謬誤，力證進化論的基礎不是科學，而是自然主義世界觀。Johnson四處演講，經常與進化論者公開辯論。他避開有爭議性的創造過程問題，而集中批判進化論的證據和哲學前設。
分子生物學家比希(Michael
Behe) 不可不提，他是美國利希大學（University of Leheigh）教授，他的《達爾文的黑盒子》叫他一炮而紅。書中提出「不可還原的複雜性」（Irreducible Complexity）的概念，指出有這種特性的系統是不能透過隨意混雜組成各部分而形成的。比希接著指出達爾文提出進化論時，生物對他來說好比是黑盒，他是完全不明白生物在分子層面的精密組織的。但今天這黑盒已打開了，科學家已了解到多種生命功能的化學機制。比希更仔細地解釋幾種複雜的生化機制（如血液凝結的機制），以具體的例子指出這些機制有不可還原的複雜性，是不可能緩慢進化而成的。比希並不排除生物演化的可能性，他只是指出生物的黑盒中其實有無數生化系統有不可還原的複雜性，它們是不可能從進化而成。從我們的經驗來看，智慧的設計仍是最合理的解釋。
然而很多科學家和哲學家仍然對智慧設計的概念深感懷疑，縱然他們同意今天的進化論問題重重，但他們始終會認為智慧設計原則不能算是科學。William Dembski就在方法論上作出有力的回應，他雖然是較年青的數學家和神學家，但現已在智慧設計運動中佔領導地位。他指出智慧設計是一個我們日常生活和多種科學(如forensic science) 都採納的推論方式，如何能說它不合法呢？他從這些我們接受的推論歸納出「智慧設計推論」(design inference) 的方法論，顯示它是有嚴謹的規則的，並非好像一些人認為是可隨意濫用的。Dembski且用嚴謹的數學理論（如或然率）和資訊理論(information
theory)，力證「智慧設計」在哲學上和科學上都是可接納的。他的工作也引起很大爭論，甚或攻擊，若他的看法是對的，對智慧設計運動最常見的批評就不成立。縱使他不全對，他的思想也能激發我們深刻地反思甚麼叫科學方法，以及擴闊我們對「推論」的了解。
科學與神學的整合
科學與神學都是多向度的事物，它們之間的對話也當然如是。近年這種對話的進展實在有賴一些能在幾種學科都有功力的學者，例如幾位出色的科學家──神學家。他們多從方法論和世界觀角度著手，他們比較科學與宗教的認知方法，思索科學理論與神學教義對彼此有甚麼涵義，建構全面的世界觀。他們的結論不盡相同，如T. F. Torrance傾向一種古典的大公信仰，而Arthur Peacocke和Ian Barbour則較接受進程神學，John Polkinghorne好像在中間。無論誰是誰非，他們努力的成果就是最好的論證，說明科學與宗教並非水火不容的。甚至我們可以說，不少新的科學發展都為上帝的回歸鋪路。
